杭州电子科技大学衢州自动化创新研究院成立于2016年9月，由杭州电子科技大学与衢江区政府共同致力于建设。旨在充分利用杭州电子科技大学在科研、教育、人才等方面的资源与衢州在产业、资源、政策等方面的优势，通过技术引进、产业培育、人才培养等手段，推动学校科研与技术的转换，提高学校的影响力。研究院主要围绕衢江的社会与经济发展需求，在技术引进、产业培育、人才培养等方面开展技术研究与服务。重点围绕垃圾无害化处理技术与装备，养殖业与农业的智能化控制技术，工业自动化控制技术与装备等方向开展工作。研究院以杭州电子科技大学强大的科技实力为依托开展如下
活动：
1） 为企业创新进行新产品、新工艺、新技术研发；
2） 推进科技成果转化和产品的市场开发；
3） 为企业提供信息咨询服务；
4） 为企业开展国内外的合作牵线搭桥；
5） 为地区制定产业发展政策提供咨询；
6） 举办各种形式的学术研讨会、报告会；
7） 举办新产品、新技术展示会；
8） 协助衢江区开展相关产业招商工作；
9） 在垃圾无害化处理技术与装备，养殖业与农业的智能化控制技术与装备等方向开展工作。